在都市内出现了连续女性被杀事件。经警察调察，犯案者是异形怪物，而主角·风祭真因为一直发着相关事件的梦而备受困扰……　　风祭真的父亲是遗传学研究所里的科学家。而真则自愿成为了研制不治之病的实验品，但却被疯狂的科学家·鬼塚实行的现阶段最危险的生化实验·Lv3的遗传因子操作实验而变成了生化战士：真·假面骑士。但鬼塚最大的目的就是要将真供幕后BOSS·“财团”作为军事武器。真最后逃出了『财团』的魔掌，并...

南光太郎和秋月信彦在一个日食的日子出生、并且以兄弟的身份被扶养长大。信彦的父亲，秋月总一郎是秘密组织戈鲁戈姆的成员之一。在光太郎和信彦19岁生日那天，两人被这个秘密组织捉去改造成为戈鲁戈姆的支配者·创世王的候补者·世纪王。世纪王·黑日必须和世纪王·影月进行赌上性命的战斗，胜者就可以成为新一任的世纪王。但是被改造成为黑日的光太郎在秋月总一郎的帮助下，成功在脑改造手术前逃脱出来。此后光太郎成为假面骑士...